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SKLBE学术论坛
第555次SKLBE学术论坛
发布时间：2022-06-23 11:06:00
报告人1：中山大学药学院教授，巫瑞波
报告题目：基于催化机制的蛋白活性重设计
报告时间：2022-06-23 (周四) 下午2:00-3:00
报告地点：腾讯会议（会议号824-925-483）
主办单位：生物反应器工程国家重点实验室
主持人：刘雪婷 教授
巫瑞波，中山大学药学院教授、博导。厦门大学化学系本科(2006)、量子化学专业博士(2010)，美国纽约大学(NYU)联合培养博士生、博后(2008-2010&2011)。2011年11月以“百人计划”副教授入职中大药学院，2017年1月晋升为教授。研究方向为萜类多尺度模拟: 围绕萜类天然产物的生源机制、化学空间、生理功能和生物活性等相关问题，借助量子-经典力学模拟、化学信息学与生物信息学等大数据挖掘策略，以及深度学习模型，开发数据库和算法，解析萜类生物合成途径及其关键酶的催化机制，并与实验合作开展蛋白活性重设计、萜类钓靶及其抑制剂优化设计。迄今在Nat Catal, Nat Comm, PNAS, JACS，Angew Chem, ACS Catal和New Phytologist等杂志发表通讯及一作论文50余篇。授权发明专利及软件著作权4项。主持科研基金9项，包括国自然面上项目2项、青年基金1项，以及广东省杰出青年基金等，参与国家、省重点研发计划各1项。担任Frontiers in Catalysis杂志副编辑。
内容：本次报告将以若干萜烯环化酶为实例，分享如何通过QM/MM等计算细致解析酶催化机制及关键调控因子，与实验深度合作实现蛋白活性重塑。
报告人2：中国科学院深圳先进院合成生物学研究所客座教授；
上海智峪生物科技有限公司CEO，王晟
报告题目：工程化与算法提速带来的超高通量蛋白计算平台峪云ZCloudTM
报告时间：2022-06-23 (周四) 下午3:00-4:00
报告地点：腾讯会议（会议号824-925-483）
王晟，中国科学院深圳先进院合成生物学研究所客座教授，上海智峪生物科技有限公司CEO。王晟博士2005年毕业于上海交通大学生命科学院，2010年于中国科学院理论物理所取得博士学位，之后分别在TTIC，芝加哥大学以及KAUST从事Research Scientist工作。2019 年回国后，王晟博士在腾讯AI Lab担任高级研究专家。王晟博士主要从事基于人工智能的计算生物学研究，尤其是基于深度学习的蛋白质结构从头预测，达到了国际先进水准（CASP12/14蛋白接触图预测第一名）。近五年来，王晟在PNAS, Cell Systems, Nature Method, Nature Protocols, Nucleic Acids Research, Genome Biology, Bioinformatics, Brief. in Bioinform., PloS Comp. Biol.等国际知名期刊上发表论文60多篇；会议论文近30篇，包括计算生物的知名会议ISMB, RECOMB, ECCB等，以及计算机视觉/机器学习领域知名会议CVPR, AAAI等。Google Scholar近五年引用接近5000次，h-index为28。
内容：2021年计算生物学领域最火热的话题无疑是DeepMind推出的AlphaFold2（AF2），其超高的蛋白结构预测精度与广泛的应用，已经给整个生物学界带来了一场重大改变。相对于进一步提高预测精度，一个更迫在眉睫的问题是如何提高其速度与通量。试想一下，不到两分钟的从头结构预测，不到一小时的全蛋白组结构预测，基于蛋白结构的自动化配体发现、建模、优化过程，如果都成为了现实，将会怎样改变合成生物学？而这一切，已经初步在峪云平台上得到了实现。
峪云生物计算平台ZCloudTM是一款由智峪生科打造的高性能、高通量的综合型生物计算软件平台。ZCloud平台旨在解决蛋白质结构计算、蛋白质结构模拟、配体设计、酶工程设计等领域内常见的计算问题。目前ZCloud平台上已提供了包括 多款前沿的蛋白质结构计算与模拟应用、先进的配体发现与优化方法软件、常用的蛋白质序列与结构检索软件等。ZCloud将为科研机构、生物科技企业、生物医药公司提供优质的、高效的、称心的计算服务。
报告题目：基于催化机制的蛋白活性重设计
报告时间：2022-06-23 (周四) 下午2:00-3:00
报告地点：腾讯会议（会议号824-925-483）
主办单位：生物反应器工程国家重点实验室
主持人：刘雪婷 教授
巫瑞波，中山大学药学院教授、博导。厦门大学化学系本科(2006)、量子化学专业博士(2010)，美国纽约大学(NYU)联合培养博士生、博后(2008-2010&2011)。2011年11月以“百人计划”副教授入职中大药学院，2017年1月晋升为教授。研究方向为萜类多尺度模拟: 围绕萜类天然产物的生源机制、化学空间、生理功能和生物活性等相关问题，借助量子-经典力学模拟、化学信息学与生物信息学等大数据挖掘策略，以及深度学习模型，开发数据库和算法，解析萜类生物合成途径及其关键酶的催化机制，并与实验合作开展蛋白活性重设计、萜类钓靶及其抑制剂优化设计。迄今在Nat Catal, Nat Comm, PNAS, JACS，Angew Chem, ACS Catal和New Phytologist等杂志发表通讯及一作论文50余篇。授权发明专利及软件著作权4项。主持科研基金9项，包括国自然面上项目2项、青年基金1项，以及广东省杰出青年基金等，参与国家、省重点研发计划各1项。担任Frontiers in Catalysis杂志副编辑。
内容：本次报告将以若干萜烯环化酶为实例，分享如何通过QM/MM等计算细致解析酶催化机制及关键调控因子，与实验深度合作实现蛋白活性重塑。
报告人2：中国科学院深圳先进院合成生物学研究所客座教授；
上海智峪生物科技有限公司CEO，王晟
报告题目：工程化与算法提速带来的超高通量蛋白计算平台峪云ZCloudTM
报告时间：2022-06-23 (周四) 下午3:00-4:00
报告地点：腾讯会议（会议号824-925-483）
王晟，中国科学院深圳先进院合成生物学研究所客座教授，上海智峪生物科技有限公司CEO。王晟博士2005年毕业于上海交通大学生命科学院，2010年于中国科学院理论物理所取得博士学位，之后分别在TTIC，芝加哥大学以及KAUST从事Research Scientist工作。2019 年回国后，王晟博士在腾讯AI Lab担任高级研究专家。王晟博士主要从事基于人工智能的计算生物学研究，尤其是基于深度学习的蛋白质结构从头预测，达到了国际先进水准（CASP12/14蛋白接触图预测第一名）。近五年来，王晟在PNAS, Cell Systems, Nature Method, Nature Protocols, Nucleic Acids Research, Genome Biology, Bioinformatics, Brief. in Bioinform., PloS Comp. Biol.等国际知名期刊上发表论文60多篇；会议论文近30篇，包括计算生物的知名会议ISMB, RECOMB, ECCB等，以及计算机视觉/机器学习领域知名会议CVPR, AAAI等。Google Scholar近五年引用接近5000次，h-index为28。
内容：2021年计算生物学领域最火热的话题无疑是DeepMind推出的AlphaFold2（AF2），其超高的蛋白结构预测精度与广泛的应用，已经给整个生物学界带来了一场重大改变。相对于进一步提高预测精度，一个更迫在眉睫的问题是如何提高其速度与通量。试想一下，不到两分钟的从头结构预测，不到一小时的全蛋白组结构预测，基于蛋白结构的自动化配体发现、建模、优化过程，如果都成为了现实，将会怎样改变合成生物学？而这一切，已经初步在峪云平台上得到了实现。
峪云生物计算平台ZCloudTM是一款由智峪生科打造的高性能、高通量的综合型生物计算软件平台。ZCloud平台旨在解决蛋白质结构计算、蛋白质结构模拟、配体设计、酶工程设计等领域内常见的计算问题。目前ZCloud平台上已提供了包括 多款前沿的蛋白质结构计算与模拟应用、先进的配体发现与优化方法软件、常用的蛋白质序列与结构检索软件等。ZCloud将为科研机构、生物科技企业、生物医药公司提供优质的、高效的、称心的计算服务。