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分子对接

AutoDock

Autodock是一款开源的分子模拟软件,最主要应用于执行配体—蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护,目前最新版本为AutoDock 4.2。另外,其用户图形化界面(GUI)工具为AutoDockToolsADT),其第二代产品为AutoDock Vina

AutoDock包含但不局限于以下应用:

· X-射线晶体学

· 基于结构的药物设计

· 先导化合物优化

· 虚拟筛选

· 组合库设计

· 蛋白—蛋白对接

· 化学机制研究

开发这一程序的灵感源于设计生物活性化合物中遇到的问题,特别是计算机辅助药物设计领域。生物大分子的 X-射线衍射技术的进步为我们提供了更多重要的蛋白和核酸分子的结构。这些结构可以作为生物活性物质的靶标,用于控制动植物的疾病,或者可以使人们简单的理解活性物质在生物学方面的作用机理。准确的了解蛋白靶标和这些活性小分子之间的相互作用是十分重要的。因此,开发者的目标就是为科研工作者提供一个计算工具,帮助他们研究生物大分子(蛋白质)与小分子(配体)复合物的相互作用。[1]

AutoDock是一款免费软件,官方链接:http:/autodock.scripps.edu/


AutoDock-Vina

AutoDock Vina也是一款由MGL实验室开发的分子对接免费软件。与AutoDock 4.0相比,AutoDock Vina提高了结合模式预测的平均准确度,通过使用更简单的打分函数加快了搜索速度,并且在处理约20个可旋转键的体系时仍然能提供重现性较好的对接结果。

AutoDock Vina 官方链接:“http://autodock.scripps.edu/”。

 

VMD

VMD 是 Visual Molecular Dynamics 的缩写,是一个生物系统的视觉化分析工具,如蛋白质、核酸、脂双层组件等。VMD可以用来查看一般的分子,读取标准的蛋白质数据库(PDB)文件,并显示所包含的结构。

VMD 提供了各种渲染和着色分子的方法,包括:简单的点和线、CPK球体和圆柱体、licorice bondsbackbone tubes and ribbons、卡通绘画和其他。VMD可用于动画和分析的分子动力学(MD)模拟的轨迹,在特殊情况下,可以充当外部MD方案作为一个图形化的前端显示和远程计算机上进行模拟动画分子,它使用大型结构的高性能渲染的OpenGLOpenGL可编程着色语言。

VMD作为分子动力学模拟(MD的前端可视化工具,可在远程计算机上实现对分子动力学轨迹动画模拟

VMD 是一款免费软件,了解详细信息及下载请参阅官方网站“http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/”。

 

PyMOL

PyMOL是一开放源码三维分子结构可视化软件,由Schrödinger经营和维护该软件具有强大且综合的功能,可以进行三维分子的动态模拟。其所具有的主要功能如下:1. 3D分子结构可视化, 2. 图形美化处理, 3. 分子动力学模拟, 4. Pymol几何结构输出,5. 协同AxPyMOL呈现3D数据,6. 借助JyMOL实现分子可视化程序的简易开发。

PyMOL有免费版和增强版软件可供用户使用,了解详情请登录PyMOL官网:“http://www.pymol.org/”。

 

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